1. Это гиперемия (покраснение) но толком ни о чем это нам еще не говорит.
2.Давали ли черепеха какие-нибудь добавки (витамины) ?
3.Возможно, это связано с аквариумным грибком - сапрлегнией. Не замечали патологической линьки? или что черепаха старается больше времени проводить на суше, чем в воде, трет глаза?