[mact]

Если не заметил, в обоих случаях аквариум будет делаться "под фильтр" в первом случае, как правильно заметил, это будет короб 100х100мм(внутренний размер) внизу дыра(с размером пока непонятки, нужно идти смотреть на трубы) и ПВХ,
во-втором - это будет перегоротка в аквариуме сразу с нужными пазами, тоисть в стекле будет "п"-образная(перевёрнутая "П") ячейка, через которую вода будет уходить в фильтр, слив из фильтра - турбина на конце из флейтой.

Хотел-бы отметить, что первый вариант експлуатируесться Kresh уже, вроде, не первый год - пока потопа небыло, и у неё при близко 350 литров 13 запаса в фильтре, я планирую аж 78литров запаса("влажно-сухой" отсек тогда станет полностью "влажным", заполниться резерв фильтра), а это 10 см. водного столба при моих размерах.
Причём в аквариуме сток предусматривает решётку на канале, которая будет и перпендикулярно до зеркала воды(0,5 и 1 см. в высоту-разные рёбра) и паралельно(квадрат 100х100, причём в двох уровнях как было замечено).
Итого - при нормальном уровне воды в аквариуме растояние между водой и покровным стеклом(при использовании его) - 2см.(1 см. решётка в высоту+1см. над решёткой для запаса).
Фильтр будет что-то вроде 80х40(высота)х45, заполнен на половину, а может и того менее из-за влажно-сухой конструкции.

Во втором варианте уровень воды в фильтре тоже не будет максимальным, так как сверху предусмотрено резевный слив воды в случае забива одного из отсеков(но этого можно и не делать). Кстати, только(!) при таком варианте будет практически стопроцентная гарантия от потопа, иначе при больших обьёмах фильтра при забивании первых отсеков помпа откачает всю воду из фильтра в аквариум и уровень воды может значительно повыситься.