5 соток - это не есть БОЛЬШОЙ пруд. Большой - это десятки и сотни гектаров.
--------------------------
Хорошо бы какую книгу по прудовому рыбоводству почитать. Без этого - сложнее, только на своих ошибках учиться придётся.
--------------------------
50 кв.м - проще (технически) чистить, спустив (или приспустив) всю воду (конечно, естественный водоём - не позволяет этого делать).
По сути:
Вообще-то смотря отчего чистить? кр. мусор, топляк (коряги) - это как придумаете, можно железной цепью по дну, трактором, людями
Избыточный ил со дна - сложнее, нужен толстый шланг, насос, горы ила затем убрать (удобрение)
-------------------------------------------
Остров - я не геолог, по идее - много стройматериала высыпать в пруд придётся (пол-объёма уйдёт), можно нечто плавучее соорудить.