Может быть дело в грунте и нехватке прикорневого питания? Ведь растения, которые получают питание из воды, растут хорошо, а криптокорины наоборот, питаются главным образом через корни, видимо им там чего-то не хватает. Прикорневые удобрения вносите?
А может вообще - криптокориновая болезнь
