На счет фильтрации сложно сказать. Т.к. в костапур входит краситель, то фильтр может его концентрацию уменьшать, а следовательно эффективность будет падать. Но при отключении фильтрации может нарушиться равновесие.
Наверно все же не отключать.
И еще. Держите температуру 25-26*. При этой температуре лечение проходит с максимальным эффектом. Это от цикла жизни ихтиофтириусов зависит.
А чего рыбы то задыхаются? Отключена аэрация или манка запущена до такой степени?