Мне кажется, черный шов практичнее в виду того, что прозрачный силикон имеет свойство темнеть от обрастаний со временем и это отлично видно снаружи. Черный-же силикон тоже подвержен обрастаниям, но внешний вид его снаружи не изменяется
Да и вообще, не так сильно в глаза бросается, я вообще его не замечаю