В общем да, любой фильтр проработавший хоть пол часа в аквариуме, наберет органики на губку.
Предлагаю еще один выход - на ночь вытаскивать фильтр и втыкать в ведро или ванную с водой поработать на ночь. Конечно в ведре жутковато, а вот в ванную даже очень неплохо (можно заодно поплескаться как в джакузи

).