Да запускайте, что вам мешает. Цвет воды изменят подмены, со временем.
А вы можете дать 100% гарантии, что это не скажется негативно на рыбе? Лучше уже класть полностью подготовленную корягу в банку, чем потом собирать трупики с поверхности и ломать голову как выровнять баланс...