При подменах воды сифонте грунт (хорошим сифоном! не китайским с пластмассовой грушей так точно ). И ворошите грунт пинцетом или тонкой полочкой. Корни чернеют из-за плохой циркуляции воды в грунте и плюс растения не успевают перерабатывать все отходы жизнедеятельности рыб. Вот и сероводород может вырабатываться (если ворошить грунт, пузырьки появляются) и служит кормом для водорослей. Ну и на подлесок, растения могут плохо расти, или плохо выглядеть из-за повреждения корневой системы, в данном случае чернеющие корни.