Ряд причин приводит к такому:
1. Силикон полимеризуется со скоростью 2 мм/сутки. Чем толще слой, тем медленее он сохнет. В случае наложения стяжки на ребро толщина слоя составляет где-то 4-5 см. Т.о. вполне вероятно что силикон не успел высохныть всередине пятна контакта до заливки. После 2 недель с водой и слива части воды могли образоваться такие пузыри.
2. Силикон в процессе полимеризации даёт усадку. Опять же, учитывая особенности этого процесса (см п. 1), к моменту высыхания получается что внутри пятна контакта просто образуется вакуум (ну не чистый вакуум, но близко, по крайней мере воздуха там нет)
Если этих объяснений покажется недостаточно, воспользуйтесь поиском.
Деревовидний вигляд