Если на контроллере медленно снижать питание до его входа в спящий режим, то при этом нужно удерживать его в режиме сброса, иначе с большой вероятностью буде испорчена EEPROM. Что и происходит. При пропадании питания конденсаторы медленно разряжаются, а на сбросе поддерживается "1". При таких условиях сбой памяти весьма вероятен.
Лечится установкой DS1812-5. Ее в принципе можно подпаять и со стороны печати, благо лапки соответствуют расположению лапок Атмеги.
Получается при достижении порогового уровня питания на сигнал RESET подается низкий уровень и контроллер устанавливается в сброс. Из этого следует, что и часы обнуляются, даже, если у нас стоит BACKUP BATTERY?
Деревовидний вигляд