Помогите определить причину пропажи рыбок гуппи из аквариума

[Ю.В.]

Нитрифицирующие бактерии живут и на губке, и на грунте, и на стеклах, и на растениях/декоре, и в воде.
Просто, если фильтр длительное время выключен, то из-за отсутствия тока воды через губки с бактериями, из-за недостатка кислорода происходит много неприятных вещей. Поэтому, долго стоявший фильтр перед включением нужно промывать.

Допис від tynycatcaty

Может в моем случае временное отключение фильтра и привело к ухудшению параметров воды, хотя кислотность не опускалась

Могло. Там, кроме кислотности, еще много всего влияет.
Почитайте здесь для начала.
http://www.aquaforum.ua/showthread.php?t=79777
http://www.aquaforum.ua/showthread.php?t=47005

Вот, чтоб проще по форуму ориентироваться было.
http://www.aquaforum.ua/showthread.php?t=80524