Иногда приходится идти против устоявшихся правил. Налицо бактериальная вспышка. Делать исследование воды - хлопотно. Микроскопию - тоже. как выход, уберите рыб и пусть вода перебродит, столько, сколько ей нужно. Достигнув критической массы бактерии сами погибнут. Либо долейте в аквариум чистой природной воды(без рыб). В природной воде существуют бактерии бактериофаги, которые при благоприятных условиях быстро покончас с вашими бактериями, так как они являются пищей для бактериофагов. При этом ни растений ни коряг вытягивать не следует. Зотем просто процедите воду, либо через промытый и простерилизованный (водка, спирт) фильтр компрессора поганяете вашу воду.