О рациональности… Применительно к системам жизнеобеспечения.

[serje]

Единого решения для всех типов фильтров не будет. Поэтому предлагая остановиться на любом из типов, и продолжить обсуждение далее, отталкиваясь от него.

С питанием разобрались. Теперь про кислород, и таинственную цифиру 99.9(9)%.
Чем дольше фильтр будет находится в отключеном состоянии, тем меньше кислорода будет оставаться для питания бактерий. Но не нужно также забывать и про рыб. Ведь в это время они также дышут(и гадят). С течением времени конценирация кислорода в воде будет также уменьшатся, и включив потом фильтр по таймеру, только для смены в нем воды, вы ничего хорошего не добъетесь. Так как доставляемая вода уже бедна кислородом. И так далее.
Плюс не стоит забывать о продуктах жизнедеятельности рыб, которые будут накапливаться, и переходить в некие интересные соединения(аммоний/нитрит). Так что если не прогнать достаточное количество воды через фильтр, объем который ВЫ выбираете сами, исходя из плотности поселения рыб, их вида(некоторые любят пожрать), и других возможных факторов, которые я упустил, плюс конечно небольшая перестраховка, то не только Ваши бактерии, но и рыбы, рискуют оказаться на том свете(живородки например протянут дольше чем танга).