Я спаял на макетной плате AVR910-совместимый USB-программатор и прошил для него ATmega8 с помощью Uniprof через переходник для COM-порта. В дальнейшем микроконтроллеры ATmega32 прошивал USB-программатором с помощью CodeVisionAVR. Проблем с прошивкой пока не наблюдалось.
Можно узнать у Вас, как фьюзы расставляли в CodeVision?