Счухать лишнее с перегородок не получится т.к при этом торцы закруглятся. Необходимо будет поработать фрезером или снять перегородки и сходить на фирму. Там аккуратно спилят на пиле. Клеить на крышку ничего не надо. Просто при обслуживании аквариума надо иметь под рукой сухую тряпку. Все, что проливается сразу же вытирать. Торцы крышки у Вас кромленные ПВХ и мгновенного разбухания не произойдет. У меня такая же самодельная тумба уже лет 5 стоит и стол на кухне из ДСП. Я бы больше волновался о боковых стойках т.к. под крышкой они не кромленные и крышка к ним плотно не прилегает. Вода по законам физики обязательно туда " залижится", а вытереть ее не получится. Самые водонеустойчивые в ламинированном ДСП как раз и являются некромленные торцы. Я бы вогнал в размер стойки, предварительно перемеряв все детали ( кизяк может быть и не встойках), А при сборке тумбы верхние торцы боковых стоек покрыл бы бесцветным силиконом. Если крыша больше дна аквариума ,то при обслуживании элементарно аквариум обкладывать сухой тряпкой ХБ т.к. она наиболее гигроскопична. Да и фото всей тумбы со всех ракурсов хотелось бы посмотреть.
Деревовидний вигляд