Кстати если бы это были паразиты то погибали бы не только гуппи. Если гуппи еще живи можете попробовать пролечить их солью (*в отдельной емкости)
http://pitomec.ru/articles/fish/lechenie/435
Скорее всего оставшихся гуппи вы уже не спасете, но я вам настоятельно советую посадить живые растения, потому что без них грунт быстро закисает,рыбы травятся продуктами собственной жизнедеятельности, а подмена воды для них является большим стрессом (потому что они уже отравились), возможно ваши гуппи оказались более чувствительны ( так часто бывает что в начале становиться хуже какому-то одному виду рыб). Можете попробовать перезапустить аквас, но не просто перезапустить , а вымыть сам аквариум, промыть грунт под водой,правду после перезапуска улучшения может хватить на месяц-два,может три (без растений).
Кстати как давно был запущен данный аквариум?
Выложите пару фоток,может я увижу еще причины.
Деревовидний вигляд