Первую подмену воды делаешь после того, как подсадишь рыб - и в зависимости от того, насколько часто и какой объём воды этим рыбам надо подменять, ведь есть некоторая разница между цихлидами и гуппи...
Бактерии, наверное, всё-таки не только в фильтре, но и в воде, да ? Я свой мою в проточной - без проблем.