Их обычно слегка притравливают эфиром , потом считают, определяют, а потом назад (только пробирку горизонтально на стенку, чтобы не упали в агар и не сдохли). А для съедения можено одеть кулечек, внутри вытянуть пробку, мухи вылетят, потом в кулечек чуть воды и встряхнуть до намокания. Это я не делал, но думаю что будет работать.
На каком-то форуме недавно участвовал в обсуждении дрозофилиной темы но где - никак не вспомню