Для удаления нитритов и нитратов в таких случаях часто используют роголистник (например, Ceratophyllum demersum). В киевской воде он очень быстро растет. В отличие от гиацинта, роголистник не требует свободного пространства над аквариумом. А в отличие от ряски, он практически не мешает работать.
Но кроме нитритов и нитратов в перенаселенном аквариуме накапливается также органика, косвенно выражаемая через БПК, ХПК или окисляемость. В домашних условиях меряется марганцовочным тестом:
http://vitawater.ru/aqua/hydro/okisl.shtml
От органики роголистник не спасает. Тут нужен или гиацинт, или мощный канистровый биофильтр, который, как правило, населен не только нитрифицирующими, но и гетеротрофными бактериями.
Если позволяют бытовые условия, то можно поставить аквариумы на протоку. Качество киевской водопроводной воды пока не вызывает нареканий.