Действительно, при первом включении таймеры уже имеют уставки. Выставляете свой и все работает. Проверял.
Настройки таймеров менял, не помогло. Нет даже кратковременного отключения одного канала, на 1,2 и 3 ноге контролера всегда есть напряжение, может криво прошился. Спасибо за ответы, буду думать что не так. Главное узнал что с разводкой платы и прошивкой все нормально.