Подключите программатор к микроконтроллеру и к USB-порту. Скажите операционной системе, где искать драйвера. В диспетчере устройств в списке COM-портов должен появится новый COM-порт.
Запустите CodevisionAVR. Выберите пункт меню Settings / Programmer, выберите тип программатора (например, "Atmel AVRProg (AVR910)"), COM-порт и скорость обмена.
В окне утилиты программирования выберите тип микроконтроллера. Через пункты меню File / Load Flash, File / Load EEPROM загрузите файлы с прошивкой и EEPROM. Выставьте галочки так, как на скриншоте из сообщения Roks. Нажмите кнопку Program All.