Если фильтр, по принципу аэрлифта (когда движение воды создается воздухом от компрессора), то производительность у него очень слабая и бактерии которые чистят воду почти не работают. Вода: прозрачная - не значит чистая, рост водорослей это подтверждает. При отсутствии растений, которые тоже участвуют в процессе переработки/поглощения, корень проблемы может быть в фильтре.
Это только мое предположение, если не прав, пусть более знающие подправят.