Сифонить нужно обязательно свободные места от растений. И не поверхносно а нормально(заганяя на всю глубину грунта) Если грунт мелкой фракции его обязательно надо ворошить. Конечно где растут растения у Вас сифонить не получится.А что у Вас за сифон?