Если размеры аквариума невелики (хотя все относительно), то можно сделать псевдоаквариум из стеклопакета и накрывать им как куполом основной. Но это если бюджет позволяет. Можно также под дно аквариума положить нагревательный элемент, тоже утеплит конструкцию. Вариантов - масса!
Колпак? Мысль интересная, но ведь нужен каждодневный доступ и снимать колпак из стеклопакета тяжеловато будет, да и запотевание его изнутри не исключается в таком исполнении.
Греть снизу тоже можно, например дросселя ламп расположить там, но задача стоит, как я понял, чтобы минимизировать расходы на обогрев и чтобы банка не сильно остыла если электричество на пару часов отключат. Одним подогревом здесь не отделаешся, надо минимизировать потери тепла.