Ryukin_N3, диатомовые водоросли на этапе запуска аквариума это нормально. И они таки да, чаще всего уходят сами по мере установления баланса.
Во втором Вашем случае, Вы, почистив их, оставили их в аквариуме? Если да, то по мере их гниения в аквариуме возможно увеличилось содержание растворенной органики в воде, которая угнетает рост растений. Ну, как вариант, как говорится. После такой процедуры (механическая очистка диатомовых), хорошо бы сделать подмену и почистить воду коагулянтом или углем.
Вот хорошая статья Алексея Кубракова на эту тему https://uviaqua.com/diatomovye-vodor...-kak-borotsya/