А с чего вы взяли что рыбки погибли от аммиака? Могли от перекорма, могли от подмены водопроводной водой, в которой могло быть что-то вредное, ну и аммиак тоже мог быть. В губках просто могла накопиться неразложившаяся органика, а бактерии их не успевают переработать. Замедлиться мог ток воды, так как губки подзабились и ухудшилась циркуляция воды по аквариуму. Да и просто могли погибнуть более слабые рыбки ввиду слабого иммунитета от природы.