У Вас могло быть 2 варианта. А скорее, все в комплексе
1. Проблемная подменная вода, как уже было сказано
2. Аквариуму год. Если грунт не сифонился - а он под корнями растений не сифонился - в нем могли образоваться застойные зоны. При выдергивании растений из грунта то, что было в нем, сразу же перешло в воду, что повлекло за собой резкий скачок параметров воды. Если Вы кормили рыбу живым кормом - вполне вероятно даже при отсутствии перекорма локальное закисание грунта. При его ворошении продукты распада могли тоже перейти в воду, вызывая отравление рыб.
Да така муть в воді була, як туман. Думаю Ви праві, через це і почала гинути риба. Зараз риби вроді почуваються добре. З приводу цього маю запитання, на даному етапі робити підміну води частіш? Чи раз в тиждень, як зазвичай. І чи варто використовувати препарати для стабілізацїї води?