У Вас є схема першого на фото акваконтролера і прошивка атмеги(пост №134)? Де можна про нього почитати? Там таймер зроблений на DS1307, можливо непогана схема і можливості...
Cхема отлажена, за два года непрерывной работы, никогда независала.
Почитать можно на Аквалого.Единственный минус - нереализована связь с PC и закрытый код. Вот кстати интересная статья, по стабилизации работы микроконтроллеров.