Посмотри как устроен задний отсек в Ресановских аквариумах,можно легко по этому принципу сделать такое же сбоку. Определись какой будет скимер и под него уже ставь перегородки.
У Логинова в теме, если мне память не изменяет есть модель скимера с помпой внутри а не снаружи.Такая модель на мой взгляд как раз будет оптимальным вариантом.
Сходи в гости к Алексею если он пригласил многое поймешь. Он у нас в Донецке председатель клуба хоббистов рифовых аквариумов.