В помещении аквариума есть своя «святая святых». Это – рыборазводня. Посторонним сюда вход воспрещен. Здесь проводятся интересные опыты по разведению и селекции рыб. В многочисленных аквариумах плавают мальки разных видов и расцветок. В рыборазводне постоянно шумят компрессоры, нагнетающие воздух. Установлены обогреватели и другое оборудование, обеспечивающее определенную температуру и освещение, необходимые для теплолюбивых экзотических рыб и растений.
С 2004 года отделом ихтиологии заведует биолог Александр Колесник, который работает в зоопарке с 1994 года.
С начала 2000-х годов нашим специалистам удается разводить такие редкие виды рыб, как милеусы, метиннисы, пираньи Наттерера, несколько видов атерин, цихлазомы озера Танганьика, сомы-синадонтисы, клариасы и многие другие.
Деревовидний вигляд