МСВ, если при замыкании контактов BNC-разъема получается 1 В на выходе, а при подаче 0,3 В получается 0,16 В на выходе, то Ваш усилитель, скорей всего, работает. Небольшая разница между измеренным и ожидаемым напряжением может быть вызвана отличием фактических характеристик деталей от расчетных.
pimass, во время зарядки аккумулятора на 40-м выводе АТмеги должно быть не менее (Vcc - 0,8 В), где Vcc - это напряжение на 10-м выводе.