в помпе, ее надо будет засовывать или в соседний отсек или на фасад фильтрующей перегородки, а от этого вид будет не очень.
скиммер за акву, помпу в фильтр - более менее.
А почему нельзя сделать, как на картинке (извините за колаж).
Пусть себе помпа качает снизу, а слив в соседний отсек.