Віріант 1 (та ж Природа)
шов взагалі не обробляють - ложать силікон відразу рівно (в більшості випадків) , відповідно внутрішня частина "ковбаскою", зовнішню підправляють будь-чим по "гарячому".
Віріант 2
використання шпателя і ПАР. ІМНО, шпатель будь-який, основна вимога щоб він ніс на собі частинку мильної води або іншого "мильного" засобу.
Все ніяк не доходять руки толком поекспериментувати, але на пробних склейках провівши таким намоченим шпателем по шву покласти силікон на місце очистки вже неможливо - адгезії нема взагалі. Вся справа в формі шпателя, консистенції "мильної" води і майстерності
+Максимус+, ви б спочатку спробували поклеїти кожним з способів, які є в загальному доступі, а потім вже секрети випитували в майстрів. Майстер він на те і майстер, щоб мати свої секрети

Крім того, навіть знаючи технологію, у вас навряд чи вийде перший акваріум з чистими швами.