Один внешник на 2 аквариума.

[jakovru]

В любом случае необходим перелив для выравнивания уровня в аквариумах.
Против скапливания воздуха в переливе используется тонкий шланг врезанный или просунутый в перелив и подключенный к всасывающему штуцеру фильтра. В случае если перелив завоздушивается, фильтр в худшем случае перестанет качать нахватавшись воздуха, с небольшим количеством воздуха фильтр справится.
К примеру так

[VKabanov]

Допис від jakovru

В любом случае необходим перелив для выравнивания уровня в аквариумах.
Против скапливания воздуха в переливе используется тонкий шланг врезанный или просунутый в перелив и подключенный к всасывающему штуцеру фильтра. В случае если перелив завоздушивается, фильтр в худшем случае перестанет качать нахватавшись воздуха, с небольшим количеством воздуха фильтр справится.
К примеру так

Самая правильная схема.

Чрезвычайно важно обеспечить сечение (с учетом засорений) перелива между аквариумами, не менее чем сечение труб входа\выхода.

Как вариант тонкий шланг вести не к входу внешнего фильтра, а к форсунке маленького внутренника.